1999年9月21日上午1時47分，台灣中部的車籠埔斷層錯動，全台均感受嚴重搖晃，持續長達102秒，造成2,415人死亡，29人失蹤，11,305人受傷，51,711間房屋全倒，53,768間房屋半倒，並震毀許多鐵公路、橋樑、學校、維生管線等重要公共設施(照片1~照片5)，更引發大規模的崩塌與土壤液化災害(照片6~照片12)，是台灣二戰後傷亡損失最大的天然災害。
面對山區大量崩塌導致聚落及農水路等公共設施嚴重災情，水土保持局當下即動員所有人力緊急投入搶救災，甚至是自身已是嚴重受災戶的第三工程所(照片5)，也迅速的重整人力及設備，針對轄區內南投、嘉義、雲林等重災區進行緊急處理，例如照片13為因應九份二山大崩塌形成的堰塞湖，所進行的緊急疏洪道及穩定坡腳的貨櫃壩工程。
除了緊急搶通修工程外，為全面掌握地震所造成的影響，並評估後續颱風豪雨在山區可能帶來的二次災害，水土保持局當時擬訂了5項中長期對策：
- 以衛星影像判識全台新增崩塌地
- 現有治山防災構造物總體檢
- 土石流潛勢溪流現況檢視與調查
- 山區危險聚落調查
- 成立專家諮詢及勘災緊急處理技師協力團隊。
事後證明，這些調查的地點，在2000年起的歷次颱風豪雨期間確實發生土石流等二次災害，而這次九二一震災的處理經驗，也為後續台灣在減災、整備、應變及復建上建立重要的基礎。
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照片1 斷層沿線地震抬昇路面造成超過1.5公尺以上之高低落差(黃國鋒提供)
照片2 斷層帶上的石岡壩斷裂(謝金德提供)
照片3斷層切過台中縣石岡鄉埤豐橋南側，河床隆起造成埤豐橋斷裂，卡車墜落翻覆(羅正義)
照片4 南投縣名間鄉鐵軌嚴重變形(黃國鋒提供)
照片5 水土保持局第三工程所倒塌(謝金德提供)
照片6 南投九九峰受地震影響形成一夜白頭的景觀(黃國鋒提供)
照片7 台中市太平區東和里北側坡地開發案，因地震造成大規模邊坡滑動(李世瑜提供)
照片8 台中縣和平鄉自由村雙崎部落崩塌空拍，房屋岌岌可危(謝金德)
照片9 南投縣國姓鄉九份二山順向坡大崩塌(黃國鋒提供)
照片10 中橫谷關段大崩塌(黃國鋒提供)
照片11 南投縣鹿谷鄉鳳凰谷鳥園辦公區受崩落巨石壓毀(水土保持局提供)
照片12 霧峰鄉牛欄貢溪堤防因土壤液化造成基礎沈陷而破裂(謝金德提供)
照片13 九份二山發揮壓坡功能之貨櫃壩(水土保持局提供)
照片14 台中縣和平鄉博愛村崩塌土石毀損房舍，並於2000年豪雨及2004年七二水災造成土石流(水土保持局提供)
照片15 苗栗縣卓蘭鎮白布帆地區坡地崩塌，並於2001年桃芝颱風期間爆發土石流(水土保持局)
照片16嘉義縣阿里山鄉豐山村乾溪上游地區崩塌，河谷堆滿土石，並於2000年2至4月豪雨期間暴發嚴重土石流(水土保持局)
