研究方法・知識管理
每週十幾篇論文、和 AI 討論出的結論
我把它們放進同一個知識庫
論文讀過會忘,和 AI 討論出的結論沉在聊天紀錄裡。這兩種知識原本各放各的抽屜,接在一起之後,它們開始互相對照。
知識管理的價值不在存下多少,而在下次需要時,找得回當初的判斷,也找得到它的根據。
01一篇論文,自己找到了過去的那場討論
這個月開始我嘗試想恢復研究生活。ChatGPT 與 Gemini 每週替我找來 5 到 10 篇山崩與土石流的新論文,我挑過之後匯入書目軟體Zotero,再交給 Claude Code 讀全文、寫筆記。
某一次入庫的論文,是一篇用遺傳演算法回推埋藏滑動面的預印本,研究區是小林村與台 7 線。Claude Code 交回的整理報告最後多了一句:這篇可以對照「警戒模式及發布機制」這個主題。
「警戒模式及發布機制」這個主題不是論文。那是我先前和 AI 反覆討論工作時,整理下來的決策與洞見。我沒有要求 AI(Claude Code)去比對,它是在依規則建立連結的過程中,自己發現兩邊談的是同一件事。
學術文獻和工作上的判斷,第一次在同一個地方碰面。這篇文章想分享的,就是讓它們碰得到面的這套做法。
02過去的兩個抽屜
論文這一側的問題很典型。每週的清單躺在信箱,PDF 散在下載資料夾,摘要讀過就忘。要寫文獻回顧時,參考文獻得一筆一筆排,請 AI 代勞又怕它編出不存在的文獻。
AI 對話這一側,我今年 9 月寫過一篇「 不再讓 AI 對話停在聊天室:我用 Obsidian 建立半自動知識歸檔 SOP」的Blog文章。做法是把定稿的對話拆成決策、洞見、參考資料三個檔案,存進 Obsidian,逐字稿另外保留原文。那套方法讓結論不再流失,每一則洞見都能回查原始討論。
但兩個抽屜之間沒有通道。討論裡提到的論文只是一行文字,查證狀態永遠停在「待查證」;論文裡能支持或推翻我判斷的證據,也連不回那場討論。缺的不是更多工具,而是一個能讓兩種知識互相指認的結構。
03一套架構,三個工具各守一層
這套做法的概念來自今年 4 月 Andrej Karpathy 公開的 LLM Wiki 構想:讓 AI 持續維護一個 Markdown 知識庫,替資料寫摘要、建立交互連結、定期檢查矛盾。我把它落實成三層分工。
Zotero 保管論文 PDF 與書目,外掛 Better BibTeX 給每篇論文一個固定代碼,稱為 citekey,例如 wang2024deep。Obsidian 是知識庫本體,所有筆記都是一般文字檔。Claude Code 則依照一份寫好的規則檔,負責讀論文、寫筆記、建連結。
原文不改寫。PDF 與對話逐字稿永遠保留原樣,摘要和筆記另外存放。
citekey 是唯一的引用依據。citekey 只由 Zotero 產生,AI 不得自己編,也不得依標題猜 DOI。
判斷留給人。AI 的推論一律標成「LLM 歸納,待確認」,我的看法寫在它不能修改的區塊。
04讓兩種知識接上線的,是「概念頁」
論文和討論要互相連得起來,靠的不是把它們放在同一個資料夾,而是中間多了一層概念頁。例如「降雨誘發預警」「模型驗證策略」「土石流溢淹範圍劃設」,每個概念一頁,由 Claude Code 維護。這一層要成立,靠三個條件。
其一,論文入庫時,Claude Code 讀全文寫筆記,重要發現附上頁碼,再把這篇掛到相關的概念頁,並標明它和其他論文的關係是支持、反駁、延伸,還是方法不同。
其二,和 AI 討論出結論時,歸檔技能會在每則洞見後面附上「相關概念」。連結時,這則洞見的原句會被引用到概念頁的「使用者判斷」區塊,一個字都不改。
其三,概念頁裡每一句話都標明出處,分成文獻主張、使用者判斷、LLM 歸納三種。打開一頁,就能分辨哪些是論文說的、哪些是我自己下過的判斷、哪些只是 AI 的推論。
Obsidian 的反向連結會把這些關係變成雙向。從論文筆記點得到概念頁,從我過去的工作洞見,也看得到哪幾篇新論文正在支持或挑戰它。
草稿裡 Claude Code 只能寫 [@citekey] 這種標記,而且只能用書目檔裡真的存在的代碼。參考文獻清單由 Pandoc 依 APA 格式自動產生,再用一支小程式比對每個代碼。AI 沒有機會自己寫出任何一筆書目。
05判斷留在人手上
第一批入庫的論文裡,有一篇用居民通報資料訓練預測模型,R² 高達 0.98。Claude Code 在筆記裡寫下一個疑點:同一筆通報可能被半徑內多處邊坡共用,隨機切分時會同時出現在訓練集和測試集。它把這段標成「LLM 歸納,待確認」,沒有替我下結論。
後來試寫文獻回顧,它停下來問我,要不要把這篇標為品質有疑慮。我選擇先不標,讓這個推論以「推論」的身分留在草稿裡,等我自己讀過原文再決定。
篩選論文也是同樣的道理。AI 每週送來的清單,我先看摘要再勾選入庫。篩的是相關性與品質,不是觀點和我一不一致。挑戰我既有看法的論文要留下來,寫文獻回顧時它們最有用。
這套系統最重要的設計不是自動化,而是把「這句話是誰說的」標清楚。
06跑完第一輪的實際情況
從安裝到寫出第一份文獻回顧草稿,前後大約三天。目前的規模還很小,但每個環節都實際跑過一次。
試寫的文獻回顧分成 6 節,引用 6 篇論文,代碼檢查全數通過,轉成 Word 後參考文獻也自動排好。比較讓我放心的是它最後附上的待確認清單,把只讀過摘要的引用、只有單一來源的論點、LLM 歸納的段落分三類列出來,這正是定稿前要逐一處理的地方。
指令參數順序寫錯、登入指令打錯、轉檔軟體明明裝了卻找不到,這些都實際發生過。付費期刊的 PDF 大約三到五成要手動補,Claude Code 的選單介面也只有英文。
更重要的是,11 篇論文寫出的草稿,多數論點只有單篇支撐。這套系統不是開關,而是累積。論文到二、三十篇,討論主題到幾十個,概念頁之間的關係才會真正長出來。
過程中遇到的每個問題,我都整理進一本 41 頁的操作手冊,從安裝、每週例行作業到常見問題,讓沒有接觸過這些工具的同事也能照著做。
手冊從安裝講到每週例行作業,附實際操作截圖與 32 個常見問題。研究庫骨架解壓縮後,資料夾、Claude Code 規則檔與每週指令都已設定好。
07它做不到的事
把邊界講清楚,這套方法才用得久。
它不能取代閱讀。筆記寫得再完整,精讀與判斷仍然要自己來。AI 寫的文獻回顧只是起點,用詞、論述取捨與結論都必須是自己的,投稿前也要確認期刊對 AI 輔助寫作的揭露規定。
它不適合放機敏資料。知識庫的內容會送到雲端模型處理,未公開的內部報告、個資與審查中的資料,應該留在另一個不上雲的地方。
它挑論文的眼光有限。我曾想要求 AI 只收高影響係數的期刊,後來發現 AI 查不到正確的 IF 值,坡地災害領域的核心期刊 IF 也普遍不高。最後改成給它一份期刊分層清單,加上單篇品質條件,再由我做最後一關篩選。
中文文獻的書目格式目前還要手動調整。
兩個抽屜,合成一棵樹
從散落在信箱的論文清單,到每篇附頁碼的筆記;從沉在聊天紀錄裡的結論,到能被新論文支持或挑戰的洞見;從各自獨立的兩個抽屜,到同一張關係圖。
知識管理的價值不在存下多少,而在下次需要時,找得回當初的判斷,也找得到它的根據。
相關文章:AI 對話知識庫整理 SOP(2026 年 9 月)。
系統建置與試運行時間為 2026 年 11 月,文中數字為第一輪試運行結果。LLM Wiki 構想出自 Andrej Karpathy 於 2026 年 4 月公開的說明文件。使用工具:Zotero、Better BibTeX、Obsidian、Claude Code、Pandoc。




